洪水退去後，環境受到嚴重污染、病原大量擴散，畜禽極易感染各類傳染病與寄生蟲病。本文以問答形式系統整理洪災後動物疫病防控要點，涵蓋病死畜禽無害化處理、全面消毒、緊急免疫接種、檢疫監督及霉變飼料中毒預防等內容，協助養殖戶與基層防疫人員科學防疫，保障人畜健康。
洪水過後容易發生多種動物傳染病和寄生蟲病，其中最應引起重視的包括：牛羊炭疽病、耕牛血吸蟲病、豬丹毒、豬肺疫、豬肺疫、豬鏈球菌病、雞法氏囊病、球蟲病，以及多種動物易發生的中毒病和胃腸道傳染病等。
根據動物疫病的發生特點，當前應重點做好四項工作：及時處理病死畜禽、對飼養場和畜禽舍徹底消毒、加強免疫接種，以及防止畜禽採食霉變飼料而中毒。
受災過程中，不少畜禽被洪水沖散、發病甚至大量死亡。死亡畜禽體內帶有大量致病微生物，若不及時進行無害化處理，任其腐爛發臭，病菌會隨水流和空氣到處擴散，不僅污染環境，還容易引發人畜疫病大流行。
對畜禽屍體最簡單有效的處理方法是深埋：應選擇高崗地帶，坑深須在2米以上；屍體入坑後撒上石灰或噴灑消毒藥水，再覆蓋厚土。有條件的地區可採用焚燒方式處理。
洪水期間，糞池漫溢，死亡畜禽和各種污物隨水流動，水源等環境受到嚴重污染；同時土壤中的病菌也會被洪水沖刷出來，引發疾病。為消滅環境中的病原體、切斷傳播途徑、預防和控制傳染病流行、保障人畜健康，必須開展獸醫衛生大消毒。
水災過後要進行全面消毒，重點包括：畜禽舍、屠宰場（點）、畜禽及其產品的加工與銷售場地、倉庫、中轉場地、牲畜市場、農貿市場、飲用水源、畜禽運輸車輛及用具等。
除清掃、沖刷、洗擦、日曬、焚燒、堆積發酵等物理和生物學消毒方法外，化學消毒應用最廣泛。以下介紹幾種常用消毒藥品及其使用方法：
用新鮮石灰配成10%–20%的石灰水，可用於消毒場地、粉刷棚圈牆壁和樁柱等。配製方法：1公斤生石灰加4–9公斤水；先將生石灰放入桶中，加少量水使其溶解，再加足水量。石灰水應現配現用，放置時間過長會失效。
適用於棚圈、用具和器械等的消毒。配製方法：在10公斤水中加入2–3公斤新鮮草木灰，加熱煮沸（或用熱水浸泡3晝夜），待澄清後取上清液使用。加熱後使用消毒效果更為顯著。
2%燒鹼溶液可用於消毒棚圈、場地、用具和車輛等；3%–5%燒鹼溶液可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈時，應先將家畜趕出欄圈，消毒半天後，將飼槽、水槽及水泥或木板地面用清水沖洗乾淨，再讓家畜回圈。
2%–5%過氧乙酸溶液可噴霧消毒棚圈、場地、牆壁、用具、車船、糞便等。
復合酚100–300倍稀釋液適用於消毒畜舍、場地和污物等。
百毒殺3000倍稀釋液可用於噴灑、沖洗、浸漬，消毒畜舍、環境、機械、器具、種蛋等；2000倍液適用於畜禽舍的緊急預防性消毒；10000–20000倍稀釋液可預防儲水塔、飲水器被污物堵塞，並能殺滅微生物、除藻、除臭、改善水質。
此外，也可選用藍光A+B、滅毒殺、殺毒霸、殺毒先鋒等藥品，按說明書要求配製後對環境、器械等進行消毒。
特大洪水災害極易造成疫病流行，一些多年不發生或少發生的疫病，如豬丹毒、豬肺疫、豬瘟等也可能因此發生；平常年份罕見的炭疽病同樣有爆發風險。加上前一階段忙於抗洪救災，防疫工作可能存在疏漏，災後補欄增養也需要及時防疫，因此當前必須突擊抓好畜禽免疫工作。
各地應根據本地畜禽疫病流行情況，突出防疫工作重點：尚未接種豬瘟、口蹄疫（W病）、雞新城疫、禽流感疫苗的畜禽要立即補防；已完成相關免疫接種的畜禽，可根據疫情必要時強化免疫一次；其他畜禽傳染病也要根據疫情動態做好預防接種工作。
特大洪水災害使病原大量擴散，疫病極易流行。同時，水災造成種畜禽損失重大，災後農民急需補欄，苗豬苗禽普遍不足，需從外地調運，稍有不慎就可能帶入疫病。因此，檢疫檢驗工作此時顯得尤為重要，這是切斷疫源傳播、防止疫病傳入和流行的關鍵所在。調運前應查驗產地檢疫證明，引進後宜隔離觀察一段時間，確認健康方可混群飼養。
豬霉變飼料中毒的症狀因飼料中霉菌種類及其所產毒素的不同而有差異。一般病豬體溫正常、糞便乾燥、有嘔吐症狀；常見陰戶腫脹、乳腺增大，母豬不孕並伴有流產現象；有的出現神經症狀，嚴重者死亡。剖檢可見全身多處部位（包括內臟）出血，肝臟壞死。
該病目前尚無有效治療方法，重在預防——嚴禁飼餵霉變飼料，並注意飼料的妥善儲存與防潮。
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