森田療法在實際應用中可分為門診治療和住院治療兩種形式，醫生會依據患者神經症狀的輕重程度，選擇相應的治療方式。
門診治療適合症狀較輕的患者，一般每周一次，透過生活指導和日記指導進行，整個療程約需2至6個月。
門診治療的基本要點如下：
經典的森田療法是住院治療，也是對嚴重神經症患者效果最佳的方法。住院治療的程序大致分為四個時期。
開始第一周實行絕對臥床，禁止會客、交談、看書報、看電視等一切活動，只能獨自靜臥。因無事可做，患者會感到十分苦惱，從而切實體驗到「生的欲望」。此期的主要目的，是從根本上解除患者精神上的煩惱和痛苦。靜臥不僅可以調整身心疲勞，還可透過對精神狀態的觀察進行鑒別診斷。讓患者任其自然地安靜休養，藉助情感的變化規律，使煩惱和痛苦自然消失。
（1）煩悶解除：臥床第二天，多數患者的煩惱即告消失，不再為症狀擔心，並自然出現一些聯想，如疾病問題、個人問題、家庭問題等。治療前就要告訴患者：如果出現聯想或煩悶，不要企圖消除或忘掉它，要任其發展，同時必須靜靜地臥床忍受。這些聯想或煩悶有時會令患者煩躁不安，但當苦惱達到極點時，往往可能在短時間內迅速消失，這正是情感自然變化的結果，多數患者在2至3小時內即可出現上述變化。也有部分患者的苦惱時有時無，甚至持續到第四、五天，其中有些是因為未能做到絕對靜臥而延長了這一過程。到了第三天，患者回想起前一天突然擺脫苦惱的經歷，精神上受到鼓舞，此時治療者再向患者說明所提供的環境及條件的重要性——否則想擺脫苦惱也是不可能的。
（2）無聊期：第四天，患者因擺脫了痛苦而開始感到無聊，產生參加積極性活動的願望，形成「期望的痛苦」。在患者深刻體會到沒有活動的苦惱之後，第二天起讓其起床活動，進入第二個治療期。
（3）失眠症的改善：靜臥期對失眠和焦慮的效果尤其明顯。對這類患者囑咐：如果想睡覺，不必選擇時間，隨時可任意地睡；如果睡不著，即使連續一周不睡也沒關係，千萬不要勉強入睡。如此可很快消除患者對失眠的擔憂，經過3至7天，大致可解除對失眠的苦惱。
此期採取相對隔離治療，禁止談話、交際和遊戲等活動。每天臥床時間須保持7至8小時，白天則要求到戶外活動，接觸新鮮空氣和陽光，晚上寫日記，以便進一步掌握患者的精神狀態和對治療的體驗。有時也安排一些簡單勞動，目的是恢復患者精神上的自發性活動。
（1）自發性活動：讓患者安靜地忍受各種病態體驗，同時身心感到無聊，以促使其自發性地活動，主動去做那些看似毫無價值的事，並且無論做什麼都盡量迅速著手、堅持下去。
（2）超越自我意識：注意避免患者對治療效果產生顧慮。自第二天起，除每天靜臥7至8小時外，要連續不斷地做一些輕活，根據場合、季節或時間的不同安排各種事情。經過這一期，患者會渴望從事更重的勞動，以此為標準，即可進入第三期。
此期住院生活逐漸充實，患者開始積極為恢復正常社會生活做準備。但仍要求患者不與別人談論症狀，只專注於當前的生活和工作（可從事一些重體力勞動），並組織文體活動，與他人交往。透過這樣的實踐與體會，讓患者自然而然地不再與焦慮症狀作強迫性的鬥爭，使症狀自然消失。
（1）排除價值觀：此期須注意排除患者對工作或勞動預先設定的價值判斷，培養他們「不論職位高低、勞動種類如何，凡是人能做的事，自己也能做到」的信心，激發對工作的興趣，體會取得成績的愉快感。
（2）體驗「並非不可能」：透過勞動或工作以及體驗成績帶來的快感，使患者樹立起「人生中沒有不能做到的事」的信心和勇氣。這是在忍受一切痛苦、排除所有困難、期待心身自發活動的過程中獲得的主觀體驗。當患者感到工作太多太忙時，便以此為標誌轉入第四期。
此期患者開始打破人格上的執著，擺脫一切束縛，進行對外界變化的順應與適應訓練，為回歸實際生活做好準備。
（1）讀書與外出：讀書不宜選擇娛樂性或思想性的讀物，可利用一切點滴時間，不選地點、不計數量地隨意閱讀，以改變患者希望「最有效率地讀書」的價值觀和完美欲。外出則只在必要時才允許，使其體驗突然接觸社會的新鮮感。
（2）發揚樸素的情感：治療中注意指導患者去體驗和發揚樸素的情感，以克服理想主義的情感。
患者從第二期起開始撰寫治療日記，內容主要包括每天的活動情況、對治療的認識等。日記由主管醫生批閱，指出不良的思想方式及情緒，並指導進一步的治療活動。
除上述住院式治療外，森田療法還有門診式療法，即每周門診一次，運用森田療法的原理進行面談和日記指導。此外，還有通信治療、集體治療，以及以生活會形式開展的心理健康互助會等多種形式。
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